Die eigentliche Ursache der Mukoviszidose ist ein Gendefekt. Therapieren kann man nur die Symptome, die Funktionsstörung der Bauchspeicheldrüse und der Lunge. Kennzeichnend ist der zähe Schleim, der zu Sekretstau führen kann und dadurch, dass er einen idealen Nährboden für Bakterien bietet dann zur Entzündung der Atemwege. Diesen Kreislauf zu unterbrechen ist Aufgabe der Physiotherapie. Wichtig sind Übungen zur Dehnung der verkürzten Atemhilfsmuskulatur, Thoraxmobilisation und spezielle Atemtechniken.
Diese können einerseits helfen, den zähen Schleim zu lockern und abzuhusten, aber auch die Lungenfunktion messbar verbessern. Sie tragen auch dazu bei, den notwendigen Gasaustausch in der Lunge zu erhalten und zu steigern. Damit gewinnt der Patient deutlich an Lebensqualität. Heute werden vielfach Selbstreinigungstechniken vermittelt, die der betroffene entsprechend seiner Tagesform eigenverantwortlich durchführen kann. Im Gegensatz zu der Erwachsenenbehandlung wird die Behandlung eines Säuglings spielerisch durchgeführt und den Eltern Übungen für zuhause vermittelt.